此外，对该自然保护区的威胁还有严重的水污染。由于受到工业废水和生活污水影响，深圳湾红树林滩涂处于中度以上污染状态，已经严重影响到底栖生物和鸟类的生存，而红树林内的铜等重金属含量，均超出国家海洋水质V类标准。
红树林的原始生态环境也遭到人类活动的破坏，如穿越保护区中心的凤塘河河岸硬质化及水体污染；保护区内野生红树林与人工养殖场杂乱共存；边防巡逻道贯穿保护区等。这都造成了严重的生态阻隔，使保护区内鸟类珍稀品种逐渐减少，红树林虫害频发，外来物种入侵。
深圳湾应严控围或填海
加强对红树林的保护和修复势在必行。应该在福田红树林保护区总体规划指导下，加快福田凤塘河口红树林修复示范区项目建设等，同时，加强深港两地合作，建立与香港米埔自然保护区的区域合作关系，进一步提升红树林自然保护区的国际地位，达成互利互助保护福田红树林自然保护区的共识及措施。
深圳湾是上天恩赐给深圳的礼物，如果无视海水的交换度容忍度再继续填下去，可能填了它的一半，它那另一半就会加速消亡，深圳湾会变成死湾臭泥潭，那我们对子孙后代的罪过就大了。
其余海域应划为严控围、填海的海域；赤湾港区（完成护堤后），蛇口港区的海堤亦不宜再向海扩伸，以稳定深圳湾的纳潮量，有利于港口、港池、航道的冲淤和污染物的扩散稀释。
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